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Contents

About LipidBank

"LipidBank" is an open, publicly free database of natural lipids including fatty acids, glycerolipids, sphingolipids, steroids, and various vitamins.

The database contains more than 6000 unique molecular structures (ChemDraw cdx format, MDL MOL format), their lipid names (common name, IUPAC), spectral information (mass, UV, IR, NMR and others), and most importantly, literature information.

The database lists natural lipids only, and all molecular information is manually curated and approved by experts in lipid research (see Informant in each record).

LipidBank is the official database of the Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids (JCBL).


Reference:
Watanabe K., Yasugi E. and Oshima M. "How to search the glycolipid data in LIPIDBANK for Web: the newly developed lipid database in Japan" Trend Glycosci. and Glycotechnol. 12, 175-184, 2000. (PDF)

LipidBankは、脂肪酸、グリセロ脂質、スフィンゴ脂質、ステロイド、各種ビタミンを含む天然脂質の公開データベースです。

現在6000以上の天然物構造(ChemDraw cdx形式、MDL MOL形式)について、物質名(慣用名とIUPAC)、スペクトル情報(質量、UV, IR, NMRほか)に加えて、文献情報も掲載しています。

このデータベースは天然物を対象としており、全データについて監修者がチェックしています。LipidBankは日本脂質生化学会の公式データベースです。

文献:
渡辺清博、八杉悦子、大島美恵子「糖脂質データを日本で新しく作成された生理活性脂質データベース[LIPIDBANK for Web]で検索してみよう」Trend Glycosci. and Glycotechnol. 12, 175-184, 2000.(PDF

Bylaws

日本脂質生化学会脂質データベース構築委員会 規約

第1条	本会を日本脂質生化学会脂質データベース構築委員会と称する。本会は日本脂質生化学会の分科会である。
第2条	本会の委員は脂質・バイオインフォマティクスに造詣の深い研究者で構成される。
第3条	本会はその運営のために、委員長1名を置く。委員長は日本脂質生化学会会長が兼務する。
第4条	本会は日本の脂質データベース”LIPIDBANK”の構築・維持・更新を目的とする。
第5条	本会は第4条の目的を達成するために、次の事業をおこなう。すなわち脂質データベースを構築するための
        脂質データの集積・更新、データベースシステムの構築・維持をおこなう。
第6条	本会は第4条の目的および第5条の事業を達成するために随時委員会を開催する。
第7条	本会は会務に関する事務をおこなうために事務局を置く。

附則
(1)	本規約は、委員会の承認を経て変更することができる。
(2)	事務局は、委員長のもとに置く。

(平成17年10月1日制定)


History (歴史)

LIPID INFORMATION SERVICE (LIPIDBANK) (1989 - 1997)

The project started in 1989 under the executive board (President: Yoshitaka Nagai) for construction of lipid database. The executive committee was organized by members of The Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids (JCBL) and constructed the first comprehensive lipid database in Japanese (President: Akira Hayashi, Vice-president: Nobuo Ueta, Secretary: Kiyohiro Watanabe).

The database included 16 lipid classes: fatty acid, long chain aldehyde, long chain alcohol, long chain base, bile acid, glyceride, phospholipid, glycolipid, lipoprotein, lipopolysaccharide, steroid, prostanoid, ether type lipid, mycolic acid and wax.

Each record contained lipid name, biological activity, source, references, structure and spectra. About 2,700 records were collected and saved on floppy discs.

脂質情報データベース (1989 - 1997)

脂質情報データベース(LIPIDBANK)は、日本脂質生化学会(JCBL)の有志により構成された脂質情報作成委員会(委員長:永井克孝)が1989年に立ち上げたプロジェクトで、日本語で書かれたデータベース「脂質情報データベース」を構築した。実務は脂質情報データベース構築実行委員会(委員:林 陽、副委員長:植田伸夫、システム構築とデータ入力:渡邊清博)が担った。

このデータベースは、脂質を16種類に分類して集積された(脂肪酸、長鎖アルデヒド、長鎖アルコール、長鎖塩基、胆汁酸、グリセリド、リン脂質、糖脂質、リポタンパク質、リポ多糖、ステロイド、プロスタノイド、エーテル型脂質、ミコール酸、ワックスなど)。

各脂質の名称、生理活性、分布、文献、化学構造、スペクトルデータなどの情報が記載された。約2,700件のデータが集積され、フロッピーディスクで配布された。

LIPIDBANK for Web (1996 - 1999)

The initial three-year project started as a joint research between the International Medical Center of Japan (IMCJ) and the Japan Science and Technology Corporation (JST).

A new executive committee was organized (President: Shoshichi Nojima, Vice-president: Mieko Oshima, Secretary: Kiyohiro Watanabe and Etsuko Yasugi).

The committee decided to collect the data on 27 lipid classes in English. Molecules in each class were collected independently under 27 team leaders and 122 data informants.

The database became publicly available from October 1999. The database server was placed at the University of Tokyo where the office of JCBL was located. The total number of molecules was about 5400.

生理活性脂質データベース (1996 - 1999)

3年間の本プロジェクトは、国立国際医療センター(IMCJ) と科学技術振興機構 (JST) との共同研究として発足した。

新たに生理活性脂質データベース構築検討会(委員長:野島庄七、副委員長:大島美恵子、データ入力:渡邊清博、八杉悦子)が結成された。

脂質を27種類に分類して、それぞれの脂質化合物データを英語で集積した。脂質分野ごとに、各脂質を専門とする27名のデータベース構築責任者をおき、122名のデータ提供者によりデータが収載された。

1999年秋にJCBLの事務局があった東京大学にサーバーを設置し、インターネット上に公開された。5,400件の脂質化合物データが収録された。

Updating LIPIDBANK for Web (1999 - 2005)

After adding one lipid class (lipid peroxides), 28 lipid classes were reorganized into 17 lipid groups.

The DERIVED LIPIDS group now includes fatty acid, long chain alcohol, long chain aldehyde, and long chain base and ceramide. The FAT-SOLUBLE VITAMIN group includes carotenoid, coenzyme Q, vitamin A, vitamin D, vitamin E, and vitamin K. The GLYCOLIPID group includes glycosphingolipid, glycoglycerolipid and others. The PHOSPHOLIPID group includes glycerophospholipid, PAF, and sphingophospholipid.

In 2004, JCBL officially established an executive committee (President: Yousuke Seyama, Secretary: Etsuko Yasugi) for updating the database.

生理活性脂質データベースの維持・更新(1999 - 2005)

新たに過酸化脂質の項目を加えて、17種類の脂質グループに分類して、28種類の脂質化合物について、データ集積をおこなった。

誘導脂質には、脂肪酸、長鎖アルコール、長鎖アルデヒド、長鎖塩基とセラミドが含まれる。脂溶性ビタミンは、カロテノイド、コエンザイムQ、ビタミンA、D、E、Kから構成されている。糖脂質にはスフィンゴ糖脂質とグリセロ糖脂質が、リン脂質にはグリセロリン脂質、PAF、スフィンゴリン脂質が含まれる。

2004年には、脂質データベース構築委員会(委員長:脊山洋右、データ入力:八杉悦子)がJCBLから公認された。

Renovating LIPIDBANK for Web (2006-2007)

LIPIDBANK for Web became the official database of JCBL, to which all rights were delegated from IMCJ and JST. The name of database changed to "LipidBank".

The Hopanoid group was removed and the number of category is now 16. The database system and its contents were updated and reorganized by the JCBL committee members (President: Masahiro Nishijima).

生理活性脂質データベースの刷新(2006 - 2007)

生理活性脂質データベースは2006年にIMCJとJSTから譲渡され、JCBL公認のデータベースとなった。データベースの名称を"LipidBank"と改めた。

脂質項目のうちホパノイドを削除し、16種類の脂質グループとした。脂質データベース構築委員会(委員長:西島正弘)が、データベースのシステムと内容の維持・更新を担当。


Contact Address

If you have questions or suggestions, please contact with:

Masanori Arita
arita@nig.ac.jp
National Institute of Genetics

ご意見やご質問は、下記へお寄せください。

有田正規
arita@nig.ac.jp
国立遺伝学研究所

Members of Executive Committee of Lipid Database (脂質データベース構築委員会メンバー)

2015 年5月29日

President: 和泉 孝志 (Takashi Izumi)
Members
有田 誠 (Makoto Arita) 有田 正規 (Masanori Arita) 糸乗 前 (Saki Itonori)
今井 博之 (Hiroyuki Imai) 内島 泰信 (Yasunobu Uchijima) 大島 美恵子 (Mieko Oshima)
笠間 健嗣 (Takeshi Kasama) 北 芳博 (Yoshihiro Kita) 小林 哲幸 (Tetsuyuki Kobayashi)
清水 孝雄 (Takao Shimizu) 鈴木 明身 (Akemi Suzuki) 脊山 洋右 (Yousuke Seyama)
中村 和生 (Kazuo Nakamura) 西島 正弘 (Masahiro Nishijima) 花田 賢太郎 (Kentaro Hanada)
八杉 悦子 (Etsuko Yasugi) 横山 和明 (Kazuaki Yokoyama)

Funding (資金)

1989 - 1997
LIPID INFORMATION SERVICE was funded by a Grant-in-Aid for Scientific Research (Grant-in-Aid for Publication of Scientific Research Results) from the Japan Society for the Promotion of Science. LIPID INFORMATION SERVICEが日本学術振興会(JSPS)科学研究費に採択される。
1996 - 2002
LIPIDBANK for Web was funded by the Database Development Program of the Japan Science and Technology Agency (JST). LIPIDBANK for Webが科学技術振興機構(JST)に採択される。
2003 - 2006, 2009 - 2016
LIPIDBANK for Web was funded by a Grant-in-Aid for Scientific Research (Grant-in-Aid for Publication of Scientific Research Results) from the Japan Society for the Promotion of Science. 日本学術振興会(JSPS)科学研究費の研究成果公開促進費データベース事業による更新。

構築委員会の歴史

第1回 1997年1月8日 国立国際医療センター研究所 生理活性脂質データベース構築委員会
第10回 2004年3月25日 学士会分館 脂質情報データベース推進委員会
第20回 2007年3月8日 東京大学 医学部 脂質データベース構築委員会
第30回 2015年5月29日 東京大学 薬学部 脂質データベース構築委員会
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